Die St.-Martinus-Schule ist eine einzügige Grundschule für Schüler und Schülerinnen katholischen Bekenntnisses, die eingebettet ist in den katholischen Schulverbund des Bistums Hildesheim. Als katholische Angebotsschule in städtischer Trägerschaft wird die Schule zwar vorwiegend von Schülerinnen und Schüler aus dem Einzugsbereich Himmelsthür besucht. Da es jedoch keinen festgelegten Schulbezirk gibt, können Kinder aus dem gesamten Stadtgebiet angemeldet werden. Seit 2003 ist die Schule eine verlässliche Grundschule.
Die St.-Martinus-Schule besteht in dem jetzigen Schulgebäude in der Winkelstraße seit 1995. Vor dieser Zeit – bis zum Ende des Schuljahres 1986/87 – war die Schule zusammen im Gebäude der Grundschule Himmelsthür in der Danziger Straße 40 untergebracht. Danach (im Sommer 1987) ist sie in die Räumlichkeiten des benachbarten Bernwardshofes umgezogen, bis ein Schulneubau bewilligt wurde. Mit Beginn des Schuljahres 1995/96 konnte in dem neuen Schulhaus unterrichtet werden. Der Musikraum wird auch heute noch vom Ortsrat Himmelsthür und immer montags für Seniorentreffen genutzt. Den Namen „St.-Martinus-Schule Himmelsthür“ trägt die Schule erst seit dem 26.4.1983, bis dahin hieß sie „Katholische Grundschule Himmelsthür“.